Dünya gitgide bir gıda krizine doğru sürüklenmektedir. Çünkü organik, ata tohumları ihmaller yüzünden hızla azalmakta, yok olmakta, yok olmayanlar da etkilerini yitirmektedir. Onlardan elde edilen ürünlerin yerini ise genetiğiyle oynanmış tohumların ürünleri almaya başlamıştır. Son kalan ata tohumu törenle ekilecekken bir karga tarafından çalınır. Tohumu çalan, diğer tohumların yok olmasına da neden olan kişi kötücül profesör ve Kapkara Laboratuvarlarının sahibi “Ali Cengiz Kapkara” dır. Amacı tüm dünyaya kendi sağlıksız tohumlarından elde ettiği ürünleri satmak ve tüm dünyanın gıda pazarının ve ardından dünyanın hâkimi olmaktır. Ulu bir ağacın, toprağın altındaki köklerinin çevresinde kurulmuş olan “Köstebekya’da” durum farklıdır. Tüm ata tohumlarını canlandırabilecek kapasitedeki kadim tohum, reçine bir muhafazanın içinde, ağacın gövdesinin toprak altındaki kısmında yer alan bir kovukta korunmaktadır. Tam güneş tutulmasının ardından, yansıyacak ilk güneş ışınları reçinenin içindeki ata tohumuyla buluştuğunda ağacın dallarından bir ışık etrafa yayılacak ve dünyadaki tohumlar yeniden canlanacak hayat bulacaktır. Bu bilgiyi öğrendiğinde Profesör karşı karşıya olduğu riski anlar. Derhal Köstebekyay’ı bulup o tohumu alacaktır. Dediğini de yapar Köstebekyay’ı bulup tohumu çalar. Boyo, Süslü, Kösteban ve aralarına gizlice sızan Cici, ata tohumunu geri almak için profesörün peşine düşer.