Günümüzden uzak bir gelecekte geçen filmde insanoğlu gökyüzünde uçan şehirler inşa etmiş, burada yaşamaya başlamıştır. Bu şehirler büyük bir felaket sonrasında yerle bir olduğunda hayatta kalan insanlar yaşamlarını devam ettirebilmek için yeryüzüne inmek zorunda kalmıştır. Gökyüzünde kalan son kişi ise Laputa'dır. Hikaye Sheeta isimli bir kızı taşıyan bir uçakla açılır. Gökyüzündeki yaşamından yeryüzüne dönmek zorunda kalan Sheeta burada boynundaki büyülü taşın da sayesinde beklemediği tehlike ve aksiyon dolu maceralara atılacaktır.