Kaptan Pengu ve Arkadaşları 2, Kaptan Pengu önderliğindeki grubun iklim değişikliği, doğal afetlerin artışı, kuraklık, doğal bitki örtüsünde olan kayıp, okyanus ve denizlerdeki yaşamı tehdit eden kirlilik gibi büyük sorunlara değinmesini odağına alıyor.

İnci Koyu’nda sürekli çöp toplamak zorunda kalan Maki, yardım isteğini akla gelmeyecek bir yöntemle yapar: Müzik Festivali organize ederek! Bu festivale katılmak için yola çıkan kahramanlarımızın başına gelen çeşitli maceralar, festival süresince de devam eder. Sonunda unutulmaz bir müzik grubu kuran kahramanlarımız tüm sorunları çözecek bir planı da uygulamaya koyarlar.