1949 yılında, pilot Koichi Shikishima, eşi Noriko ve evlat edindikleri kızları Akiko; savaşın ve Godzilla'nın ilk saldırısının Japonya'yı sıfıra indirip her şeyi eksiye sürüklemesinin ardından hayatlarını yeniden kurmaya ve kırılgan bir huzura kavuşmaya çalışmaktadır. Ülke toparlanmaya yeni başlarken Godzilla geri döner; tamamen yenilenmiş, daha da büyümüş ve öncekinden çok daha vahşi bir hâlde. Aynı zamanda, Fuji Dağı yakınlarında kadim bir varlık da uyanmaya başlar. Bu durum, ikinci bir kaiju'nun ortaya çıkma tehdidini beraberinde getirerek Shikishima ailesini ve Japonya'yı çok daha derin bir çaresizliğin içine sürükler.