BoBoiBoy: The Movie, bir grup hazine avcısı tarafından kaçırılan arkadaşı Ochobot'u kurtarmak için mücadele veren BoBoiBoy ve arkadaşlarının hikâyesini anlatıyor.

Süper kahraman BoBoiBoy ve 5 kişilik ekibine özel güçlerini öğreten Ochobot, bir grup hazine avcısı tarafından kaçırılmıştır. Ochobot’u kurtarmak için gizemli bir adaya yolculuk yapan BoBoiBoy, burada o zamana kadarki en zorlu düşmanıyla karşılaşacaktır.